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Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l'Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l'intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées « Anges , qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Une catastrophe d'une ampleur sans précédent s'est abattue sur notre planète, causant la mort de la moitié de la population et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet évènement terrible que l'histoire retiendra sous le nom de « Second Impact », les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne. C'est alors qu'un adolescent de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père. Au même moment, une créature géante, un « Ange » apparaît sur la ville. Shinji est conduit au quartier général de la NERV, une organisation ultra secrète, afin d'y rencontrer son père, Gendô Ikari, qu'il n'a pas vu depuis 10 ans. Celui-ci lui révèle que la NERV a développé une arme humanoïde gigantesque dans le plus grand secret. Il ordonne à Shinji de prendre immédiatement les commandes de ce géant et d'aller affronter l'Ange. C'est ainsi que Shinji fait la connaissance de l'Eva-01.